主流hpc应用安装之lammps

apt###所需包：gcc g gfortran make

sudo su apt-get install gcc apt-get install g apt-get install gfortran apt-get install make

####所需文件

#新建lammps文件夹 mkdir lammps

#进入lammps cd lammps

#下载fftw-3.3.8.tar.gz wget http://www.fftw.org/fftw-3.3.8.tar.gz

#下载mpich-3.3.2.tar.gz wget http://www.mpich.org/static/downloads/3.3.2/mpich-3.3.2.tar.gz

#下载lammps-stable.tar.gz wget https://lammps.sandia.gov/tars/lammps-stable.tar.gz

###解压文件夹资源

#解压后为fftw-3.3.8 tar -xvf fftw-3.3.8.tar.gz

#解压后为mpich-3.3.2 tar -xvf mpich-3.3.2.tar.gz

#解压后为lammps-29Sep2021 tar -xvf lammps-stable.tar.gz

###安装fftw #进入/lammps-29Sep2021/src/MAKE/OPTIONS路径下，从Makefile.fftw文件可知lammps默认fftw调用路径为/usr/local，后续编译lammps方便，将fftw安装到此路径下 cd lammps/src/MAKE/OPTIONS vim Makefile.fftw

FFT_INC = -DFFT_FFTW3 -I/usr/local/include

FFT_PATH = -L/usr/local/lib

FFT_LIB = -lfftw3

cd fftw-3.3.8

sudo make -j #-j调用编译无核数限制

sudo make install #凡事sudo结束了，我以前没有sudo出过问题

cd #返回根目录

###安装Mpich

#进入\lammps-29Sep2021\src\MAKE\OPTIONS路径，打开Makefile.g _mpich_link通过查看以下内容，可以了解文件lammps默认mpich调用路径为/usr/local

MPI_INC = -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1 -I/usr/local/include

MPI_PATH = -L/usr/local/lib

MPI_LIB = -lmpi -lmpl -lpthread

cd lammps/mpich-3.3.2

sudo ./configure --prefix=/usr/local

sudo make -j

sudo make install成功就会产生lmp_mpi的文件

cd .. #返回上级目录

###安装lammps

cd lammps/lammps-29Sep2021/src

sudo make mpi -j #成功就会产生lmp_mpi的文件

#注意：lammps默认安装3个依赖包，MANYBODY，KSPACE，MOLECULE。如果还有其他依赖包，只需要/lammps-29Sep2021/src 单独输入文件夹下的指令：

# make package-status(查看依赖包状态) # make yes-***（安装***依赖包） # make no-***（删除***依赖包） # make mpi -j ##重生可执行文件lmp_mpi就可 #注：不make yes-all，会卡住。。根据自己的需要。package可以安装，第一次安装就加了。MANYBODY, KSPACE, MOLECULE这三个包:

make yes-MANYBODY make yes-KSPACE make yes-MOLECULE sudo make mpi -j

###测试

cd #返回根目录

cd lammps/lammps-29Sep2021/examples/shear #进入shear文件夹

vi in.shear

取消注释：##dump 1 all atom 100 dump.shear，保存退出

cd #回到桌面

vim.bashrc

export PATH=/usr/local/bin:/usr/local/lib:/usr/local/include:/home/cloudcomputing_05/lammps/lammps-29Sep2021/src:$PATH #直接将文本添加到底部，根据自己的实际情况，注意文件路径的写作。

source .bashrc #使环境生效

cd lammps/lammps-29Sep2021/examples/shear export PATH=/bin:/usr/bin:$PATH

sudo mpirun -np 6 --allow-run-as-root /home/cloudcomputing_05/lammps/lammps-29Sep2021/src/lmp_mpi < in.shear

输入镜像： sudo mpirun -np 6 /opt/lammps/lammps-29Sep2021/src/lmp_mpi < in.shear 或者sudo mpirun -np 6 --allow-run-as-root /opt/lammps/lammps-29Sep2021/src/lmp_mpi < in.shear