本周最新文献速递20220515-锐单电子商城

2022年515年本周最新文献快递

一、文献的精细解读一

文献题目： Multi-ancestry genetic study of type 2 diabetes highlights the power of diverse populations for discovery and translation

不想看英文题目: 2 多血统遗传研究提高了不同人群的发现和转化能力

杂志及影响因素： Nat Genet (IF: 38.33; Q1)

研究意义： 2 型糖尿病（T2D）全球发病率在过去 30 年翻了两倍。虽然全基因组相关分析（GWAS）发现了很多 T2D 易感位点，但主要集中在欧洲人。然而，欧洲人发现的许多重要结论在其他人群中是不可复制的，这可能是由于效应大小、等位基因频率和连锁不平衡 (LD) 等的差异。为了解决这个问题，作者在多血统人群中进行了比较 T2D 遗传结构。

结论：

总共纳入了 122 项 GWAS 研究、 180,834 例 T2D cases 和 1,159,055 个健康个体 ( 48.9% 不是欧洲祖先的血统)；
使用 MR-MEGA 跨祖先聚集分析鉴定 277 个基因座（P< 5 × 10^-8 ）,其中，11 以前没有报道过一个基因座；
在277 237个基因座个基因座、338 信号达到更严格的显著阈值（P< 5 × 10^-9 ）；
虽然找到了338 个 T2D 相关信号，但有 136 (40.2%的信号有异质性 (P_HET<0.05)。异质性与连锁不平衡、环境互动、多基因效应、实验设计误差等多种因素有关。对异质性结果进行二项分布试验，发现实验设计误差，预计会出现 16.9 信号是异质的，远低于实际观察到的信号 136 本研究发现的多个异质信号可能与群体遗传结构有关；
精细定位欧洲群体信号和跨群体信号，构建 99% 置信集，发现跨群体信号 99% 信集变异位点的中位数 10 个，欧洲群体 99% 信集变异位点的中位数 35 说明跨群体研究可以提高精细定位的结果；

功能注释表明 T2D 信号主要集中在蛋白质外显子和转录因子的结合点(如NKX2.2, FOXA2, EZH 和 PDX1)以及表示活性增强子、活性启动子和转录区域的染色质状态；
T2D 在信号中，以前没有报道过两个错义突变上的基因 T2D 分别相关 MYO5C p.Glu1075Lys (rs3825801, P=3.8×10^-11) 和 ACVR1C p.Ile482Val (rs7594480, P=4.0×10^-12)；
集成分子表(如蛋白质水平数量基因座) pQTL ）和 GWAS 可以提高对的结果 T2D 了解疾病。比如整合 pQTL 和 BCAR1 基因座上的 GWAS 信号后，发现与 CTRB1 、CPB1、PLRP1、PRSS2 共定位。此前有报道称，这些基因与胰腺内分泌功能有关。说明整合 pQTL 和 GWAS 结果可为T2D 研究发病机制提供新的思路和线索；

对于多血统和特定血统 T2D GWAS 结果构建多基因风险评分（GRS），多血统的发现有助于改善 GRS 性能。然而，对于样本量较少的群体，如非洲、西班牙和南亚，它们是 GRS 预测性能会变差；

T2D 自然选择分析表明 T2D 在千人基因组的四个非洲血统群体中，信号是积极的，与体重有关，但在非洲以外没有观察到这种优势；

亮点：统计方法值得借鉴，尤其是异质检验；

文章链接：

https://www.nature.com/articles/s41588-022-01058-3

公开信息：

无

二、文献的精细解读二

文献题目： Genetic analyses identify pleiotropy and causality for blood proteins and highlight Wnt/β-catenin signalling in migraine

不想看英文题目: 遗传分析识别了血液蛋白的多效性和因果关系 Wnt/β-catenin 信号传导在偏头痛中的作用

杂志及影响因素： Nat Commun (IF: 14.92; Q1)

研究意义：偏头痛是一种遗传度高的常见复杂疾病。作者使用它 GWAS 对多基因模型下血蛋白与偏头痛的多效性进行汇总统计研究。

结论：

分析过程如下：

总共纳入了 4625 个血液蛋白 GWAS 统计数据， GWAS 样本中位数为 3301 个；
血液蛋白遗传如下：

利用 SECA 研究偏头痛与血液蛋白之间的全基因组多效性，发现偏头痛的风险点与血液同时 13 蛋白质水平相关；

使用 MAGMA 对偏头痛 GWAS 在显著的基因中，基于基因水平进行相关分析 15 个可编码为 pQTL 相关的蛋白质；

作者使用了影响蛋白质水平和偏头痛的多基因效应点 GWAS-PW 评估方法。GWAS-PW 总共发了 24 个多基因效应位点、36 蛋白质与偏头痛共享遗传结构；
排名前三的多基因效应点是 rs495828（影响 11 蛋白质)，rs10761741（影响 7 蛋白质)，rs10786156（影响 3 蛋白质)；
除了具有多基因效应的变异位点，作者还发现了一些 pQTL 位点对偏头痛有因果作用。比如 DKK1、PDGFB、FARS2、GSTA4 和 CHIC2 上的 pQTL 位点对偏头痛有因果作用。有意思的是 DKK1 是 Wnt/β-catenin 通过干预抑制剂 Wnt/β-catenin 信号通路可以为偏头痛的治疗提供一定的思路；

亮点：多基因效应因果效应

文章链接：

https://www.nature.com/articles/s41467-022-30184-z

公开信息：

偏头痛数据：http://www.headachegenetics.org/content/datasets-and-cohorts

三、推荐其他文献

下面的文献也很精彩，但由于下不到原文，或者博主时间有限，无法仔细解读，所以列出供大家参考；当然，你有精彩的文献给我解读(前提是一周内刚发布的文献)，可以发给我pdf(但是，由于种种原因，我可能没有时间解释，也不要对我期望太高)；

文献题目： Single-cell eQTL models reveal dynamic T cell state dependence of disease loci

不想看英文题目: 单细胞 eQTL 模型揭示了疾病位点的动态 T 细胞状态依赖性

杂志及影响因素： Nature (IF: 42.778; Q1)

文章链接：

https://www.nature.com/articles/s41586-022-04713-1

文献题目： A natural mutator allele shapes mutation spectrum variation in mice

不想看英文题目: 自然突变等位基因塑造了小鼠突变图谱

杂志和影响因子： Nature (IF: 42.778; Q1)

章链接：

https://www.nature.com/articles/s41586-022-04701-5

文献题目： Single-nucleus cross-tissue molecular reference maps toward understanding disease gene function

不想看英文题目：了解疾病基因功能的单核跨组织分子参考图谱

杂志和影响因子： Science (IF: 41.845; Q1)

文章链接：

https://www.science.org/doi/10.1126/science.abl4290

文献题目： The Tabula Sapiens: A multiple-organ, single-cell transcriptomic atlas of humans

不想看英文题目： Tabula Sapiens：人类多器官、单细胞转录组图谱

杂志和影响因子： Science (IF: 41.845; Q1)

文章链接：

https://www.science.org/doi/10.1126/science.abl4896

文献题目： Cross-tissue immune cell analysis reveals tissue-specific features in humans

不想看英文题目：跨组织免疫细胞分析揭示了人类的组织特异性特征

杂志和影响因子： Science (IF: 41.845; Q1)

文章链接：

https://www.science.org/doi/10.1126/science.abl5197

文献题目： The genomic origins of the world’s first farmers

不想看英文题目：世界上第一批农民的基因组起源

杂志和影响因子： Cell (IF: 38.637; Q1)

文章链接：

https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(22)00455-X

文献题目： Within-sibship genome-wide association analyses decrease bias in estimates of direct genetic effects

不想看英文题目：同胞内全基因组关联分析减少了直接遗传效应评估的偏差

杂志和影响因子： Nat Genet (IF: 38.33; Q1)

文章链接：

https://www.nature.com/articles/s41588-022-01062-7

文献题目： DeepSTARR predicts enhancer activity from DNA sequence and enables the de novo design of synthetic enhancers

不想看英文题目： DeepSTARR：从 DNA 序列预测增强子活性并实现合成增强子的从头设计

杂志和影响因子： Nat Genet (IF: 38.33; Q1)

文章链接：

https://www.nature.com/articles/s41588-022-01048-5

文献题目： Contribution of rare whole-genome sequencing variants to plasma protein levels and the missing heritability

不想看英文题目：罕见变异位点对血浆蛋白水平和缺失遗传度的贡献