常用于小分子作图PyMol，但PyMol小分子显示通常是Sticks，将其展示为Ball-and-Sticks需要修改球棒模型PyMol默认参数的中间部分如下。

在PyMol在命令行中导入分子

load mol.sdf 

PyMol默认背景是黑色的，在文章发表的图片中往往需要白色或透明背景的图片设置。

将背景改为白色 bg_color white #ray背景透明 set ray_opaque_background, off  

此时分子显示为sticks，背景为白色，如下图所示：

# 打开球棒模型，原子显示为球形，键显示为棒形 set stick_ball, on  # 设置球棒的比例 set stick_ball_ratio, 3.5 # 设置棍的粗细，以半径表示，默认比例设置为 0.25 set_bond stick_radius,0.15 # 设置棒的半径，同上一个set_bond stick_radius命令 set stick_radius,0.15  # 选定的原子球大小设置 set sphere_scale,0.2,sele 

valence命令自动格式化现有的键，甚至可以猜测标准氨基酸的键。

#打开价格设置，显示双键 set valence, 1  #修改valence_mode双键的位置可以改变 set valence_mode, 0  #valence_size默认情况下，双键距离发生了变化：0.修改范围：0~0.5 set valence_size, 0.1  

注：很多时候，这个命令不起作用的原因是结构文件中缺乏双键链接的信息step5来解决。

在PyMol的修改模式(editing mode)下可用Ctrl-right-click来选择原子pk1, pk2。

# 删除键 unbond pk1,pk2 #链接键 bond pk1,pk2,4 # 1: 单键； 2: 双键；:三键4:自由电子 

#制作适合出版和正式电影的高分辨率照片 ray #保存为PNG格式图片 save mol.png 

修改参数后的球棒模型如下图所示：

[1]. PyMOL Wiki [2]. PyMOL 安装、球棒模型设置和图片输出 [3]. Pymol|Pymol命令