以GSE184854_scRNA-seq_mouse_lung_ccr2为例子
1.按标准流程 读入矩阵 去双细胞
2.以resolution分辨率为3 (细胞数为2w),划分亚群。 假如分成30组, 分析每一组 查看其marker属于哪种或亚细胞。
细胞可以从整体上划分:上皮 髓系 淋巴系。或上皮 b细胞 t、nk细胞 成纤维细胞 单核-巨噬细胞 中性粒细胞 比如依靠Csf1r Cd68 取出单核-巨噬细胞
在上述大群的基础上,取出小群进行详细分析。分析时,给出subset_Data根据每组的情况,设置不同的分辨率。 假如取出 单核-巨噬细胞 目的是获得不同的巨噬细胞亚群。 1 先取出单核-巨噬细胞,然后按0标准步骤降低维度.聚类分辨率为2。 2.查看上述所得亚群marker给每个亚群命名基因。(此时,有些群体更清楚marker还有一些混合群,甚至可能出现上皮,b细胞、成纤维细胞等。记录这些亚群的位置及其细胞类别) 3.放大步骤1的分辨率,根据情况取0.3甚至0.4的分辨率,重新查看、记录分群位置,并且与步骤2的结果进行对比。 4.重复以上三个步骤,最后确定分辨率,取出你想要分析的细胞。
**经验就是:**一定要检查不同分辨率下的结果,然后分别命名不同分辨率下的亚群,最后比较确定你想要的分组结果。
如果分辨率过高,会导致许多无意义的亚群;但如果分辨率太小,不同的细胞类型会聚集在一起cluster,这样,如果取出一个群体进行详细分析,就会出现许多混合细胞。