Linux basics
Linux系统下的一切都是文件，Linux文件系统包括在磁盘或其他块存储设备目录中排列的文件
Linux文件系统是以/目录为基础的树状结构 我们安装和调用它tree可以查看Linux文件系统的结构
#-d参数表示查看目录，-L参数表示查看级别 tree -d -L 1 
- bin实际上就是binaries（二进制文件）的缩写，里面存放的命令可被普通用户和root用户调用
- boot，翻译是启动(计算机)，存储在里面Linux启动所需的核心文件
- dev，是device(设备)一词的缩写存储在目录中Linux外部设备Linux在系统中，访问设备的方式与访问文件相同
- etc，即etcetera目录存储系统默认安装的配置文件
- home，普通用户的主目录，Linux作为多用户操作系统，每个用户的目录都存在home目录下
- lib，指library(库)中存储着系统中最基本的动态链接共享库，类似于Windows系统的DLL简单来说，文件，lib目录中的文件是正确执行应用程序、命令或过程所需的文件
- lib64是lib姐妹文件夹，lib64和lib几乎一样(除了架构级别的差异)
- media，是Linux系统对U盘和光驱等识别后挂载的目录
- mnt，该系统提供该目录，允许用户临时挂载其他文件系统，例如挂载移动硬盘传输文件
- opt，是optional缩写是主机安装额外软件存储的目录
- proc，是Linux内核提供的文件系统(伪文件系统)用于访问内核内部数据结构，改变内核设置
- root，该目录是系统管理员的目录，也被称为超级权的主要目录
- run，该目录是存储系统启动以来信息的临时文件系统。当系统重启时，目录下的内容将被删除
- sbin，即superuser binaries(超级用户二进制文件)，存储超级用户使用的系统管理程序
- srv，存储本机提供的服务或数据
- sys，是Linux2.6内核开始出现的文件系统sysfs，sysfs文件系统集成了三个文件系统的信息：进程信息proc文件系统，设备devfs文件系统和伪终端devpts文件系统
- tmp，是temporary缩写用于存储一些临时文件
- usr，是unix shared resources用户的许多应用程序和文件都存储在目录中，类似于Windows系统的program files目录
- var，是variable缩写用于存储日志文件等不断扩展的文件
绝对路径和相对路径
绝对路径是指从根目录(/)开始的完整文件路径，如/bin/bash 相对路径是相对于当前目录位置的路径，如当前目录为/home/desktop，想要去到/home/software可以写成以下形式
cd ../software ##..表示上一级目录 常用的目录操作命令
cd，change directory，变换目录 pwd，print working directory，打印当前工作路径 mkdir，make directory，创建新目录 rmdir，remove diretory删除空目录 ls，list，列出目录和文件名 cp，copy，复制文件or目录 rm，remove，删除文件or目录 mv，move，移动文件or目录，重命名
当你更换一台新电脑时，首要任务是为新设备配置相应的软件（农民工的必要素质：-O）
在Windows或Mac通常有两种方法可以在计算机上安装软件：
1.应用商店下载安装 2.下载安装软件官网
类似，在Linux软件安装也可以通过以上两种方式进行
###查看Linux不同的发行版本有不同的软件管理工具，可以理解为Android应用商店和苹果apple store的区别 cat /etc/*-release yum install <package_name> ##安装指定软件 yum update ##更新所有软件 yum check-update ##列出所有可更新软件 sudo apt update ##与yum update类似 sudo apt upgrade ##升级软件 sudo apt install <package> ##与yum install类似 2. 通过软件官方网站下载源文件或编译好的包安装
#例子：下载安装sratoolkit wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.10.0/sratoolkit.2.10.0-centos_linux64.tar.gz #Ubuntu发行版运行以下命令： wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.10.0/sratoolkit.2.10.0-ubuntu64.tar.gz #解压 tar zxvf sratoolkit.*.tar.gz
#测试是否成功安装
fasterq-dump -h
#显示以下软件使用信息则表示成功安装
Usage:
fasterq-dump <path> [options]
Options:
-o|--outfile output-file
-O|--outdir output-dir
-b|--bufsize size of file-buffer dflt=1MB
-c|--curcache size of cursor-cache dflt=10MB
-m|--mem memory limit for sorting dflt=100MB
-t|--temp where to put temp. files dflt=curr dir
-e|--threads how many thread dflt=6
-p|--progress show progress
-x|--details print details
-s|--split-spot split spots into reads
-S|--split-files write reads into different files
-3|--split-3 writes single reads in special file
--concatenate-reads writes whole spots into one file
-Z|--stdout print output to stdout
-f|--force force to overwrite existing file(s)
-N|--rowid-as-name use row-id as name
--skip-technical skip technical reads
--include-technical include technical reads
-P|--print-read-nr print read-numbers
-M|--min-read-len filter by sequence-len
--table which seq-table to use in case of pacbio
--strict terminate on invalid read
-B|--bases filter by bases
-A|--append append to output-file
-h|--help Output brief explanation for the program.
-V|--version Display the version of the program then
quit.
-L|--log-level <level> Logging level as number or enum string. One
of (fatal|sys|int|err|warn|info|debug) or
(0-6) Current/default is warn
-v|--verbose Increase the verbosity of the program
status messages. Use multiple times for more
verbosity. Negates quiet.
-q|--quiet Turn off all status messages for the
program. Negated by verbose.
--option-file <file> Read more options and parameters from the
file.
./bin/fasterq-dump : 2.10.0
手动安装通常会出现许多Can’t locate XXX.pm的报错提示，这是因为软件依赖的perl模块缺失导致的
#以CentOS为例
yum search cpanm
yum install -y perl-App-cpanminus.noarch
cpanm install
top #查看进程
1、系统当前时间 2、系统开机至今经历多长时间 3、当前用户数 4、系统1 min/5 min/15 min的CPU负载信息，当负载值>2说明系统繁忙
- 当前进程数
- 正在运行的进程数、睡眠进程数、终止进程数和僵尸进程数
- 用户空间占用CPU百分比
- 内核空间占用CPU百分比
- 用户进程空间内改变过优先级的进程占用CPU百分比
- 空闲CPU百分比
- 等待输入输出的CPU时间百分比
- CPU硬中断占用百分比、CPU软中断占用百分比和被强制等待虚拟CPU的时间
- 物理内存总量
- 使用的物理内存量
- 空闲的物理内存量
- 用作内核缓存的物理内存量
- 交换区总量
- 使用的交换区总量
- 空闲交换区总量
- 缓冲交换区总量
- PID：进程id；USER：进程所有者
- PR：进程优先级别，NI值越小越优先执行
- VIRT：进程使用的虚拟内存总量；RES：进程占用的物理内存；SHR：进程使用的共享内存
- S：进程状态，R：运行状态；S：睡眠状态；Z：僵尸进程；D：不可中断睡眠状态；T：跟踪/停止
- %CPU：进程对CPU的使用率；%MEM：进程使用的物理内存百分比
- TIME+：进程启动后占用CPU的时间；COMMAND：进程启动命令名
Vi/Vim编辑器的使用
Vim编辑器是Linux下强大的文本编辑器，具有简洁、易操作的特点
启动Vim编辑器
vim [要编辑的文档名]
vim编辑器有三种模式
1、 vim启动即进入命令模式 2、 键入“i/o/a”任一小写字母即可进入输入模式 3、 在命令模式下键入半角冒号“:”即可进入最底行使用命令对文档进行替换、删除等操作
Vim的使用技巧
| 命令 | 功能 |
|---|---|
| Esc | 输入模式切换为命令模式 |
| y | 复制 |
| d | 剪切 |
| p | 粘贴 |
| u | 取消上一部操作 |
| / | 查找字符串，光标移至字符串前端 |
| :n | 移动光标到第N行 |
| :w | 保存编辑的内容 |
| :e | <文件名> 打开文件 |
| :sav | <文件名> 另存为 |
| :q | 退出 |
| :q! | 不保存强制退出 |
| :%s/s1/s2/g | 将文档中的字符串s1替换为s2 |