如期生物
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原理
琼脂糖是 D- 和 L- 半乳糖残基通过 α (1→3)和 β (1→4) 线性聚合物由糖苷键交替组成。L- 半乳糖残基 3 和 6 位置之间形成脱水连接。琼脂糖链形成螺旋纤维，后者聚合成半径 20~30 nm 超螺旋结构。
材料与仪器
DNA 样品 DNA 大小标准品
琼脂糖溶液 电泳缓冲液 溴化乙锭或 SYBR Gold 染色液 凝胶载样缓冲液
步骤
一、材料
1. 缓冲液和溶液
琼脂糖溶液
电泳缓冲液(常用) 1X TAE 或 0.5X TBE)
溴化乙锭或 SYBR Gold 染色液
6X 凝胶载样缓冲液
2. 核酸和寡核苷酸
DNA 样品
DNA 大小标准品
3. 专用设备
琼脂糖凝胶电泳仪
封胶带
微波炉或沸水浴
可以提供 500V 和 200mA 的电源装置
55℃ 水浴
二、方法
1. 将塑料托盘的两侧或干净干燥的玻璃板的边缘密封在密封边带上，形成一个模具，放置在水平支架上。
2. 准备足够的电泳缓冲液(1)X TAE 或 0.5X TBE) 用于填充电泳池和制备凝胶。
3. 根据欲分离 DNA 用电泳缓冲液制备合适浓度的琼脂糖溶液：将琼脂糖干粉准确称量，加入三角形烧瓶或玻璃瓶中，电泳缓冲液的电泳缓冲液。
4. 用 Kimwipes 松松地塞住三角形烧瓶颈，如果用玻璃瓶盖住。在沸水浴或微波炉中加热至琼脂糖熔化。
5. 将三角形烧瓶或玻璃瓶转移到隔离手套或夹子上 55℃ 水浴。熔化凝胶稍冷却后加入溴化乙锭，最终浓度为 0.5 μg/ml。轻轻旋转以充分混合凝胶溶液。
6. 琼脂糖溶液冷却时，用合适的梳子形成加样孔。梳齿的位置应在托盘底部 0.5~1.0 mm，这样，琼脂糖倒入托盘时，会形成符合要求的加样孔。
7. 将热琼脂糖溶液倒入模具中。
8. 让凝胶溶液完全凝结，室温下 30~45 min。在凝胶顶部加入少量电泳缓冲液，小心拔出梳子。倒出电泳缓冲液。轻轻撕下封边胶带，将凝胶放入电泳池。
9. 电泳缓冲液加入电泳池，刚好没有凝胶约 1 mm。
10. 混合 DNA 样品和 0.2 倍体积 6X 载样缓冲液。
11. 用微量移液器和一次性吸头、拉长的巴斯德吸管或玻璃毛细管将样品混合物缓慢添加到浸没凝胶的加样孔中。样品孔的左右孔应分别添加分子质量标准。
12. 关闭电泳槽盖，连接电极插头。DNA 向阳极(红色插头)侧泳。 1~5 V/cm 以阳极与阴极之间的测量为准。如果电极插头连接正确， 由于电解，阳极和阴极会产生气泡，溴酚蓝在几分钟内从加样孔迁移到胶体中。溴酚蓝和二甲苯氰胺 FF 在停止电泳之前，移动到适当的距离。
13. 当 DNA 样品或染料在凝胶中迁移了足够距离时，关上电源、拔出电极插头和打开电泳槽盖。若凝胶和缓冲液有溴化乙锭，则用紫外灯观察凝胶和照片。否则凝胶含有溴化乙锭(0.5 μg/ml) 水或电泳缓冲液浸泡在室温下 30~45 min, 或使用电泳缓冲液 1:10000 稀释的 SYBR Gold 储备液浸渍。
注意事项
在使用微波炉进行加热溶解的过程中要注意缓冲液蒸发导致胶浓度增高，这时可以加入适量缓冲液补齐浓度。
常见问题
不同浓度的琼脂糖凝胶对核酸有不同的分离作用，因此应根据核酸分子的大小选择合适的孔径。