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iMeta——中国微生物组和国际生物信息顶刊
如何投稿iMeta期刊？ScholarOne作者使用教程
高影响期刊iMeta起航(微生物组)&生物信息)
iMeta期刊投稿制度ScholarOne正式上线
iMeta2021年，科瑞唯安入选12名编委会
iMeta宏基因组&生物信息期刊-创刊背景及简介
iMeta期刊顾问James M Tiedje当选中国科学院外国院士
报告视频录制：腾讯会议录制 肖像画中的特效
中国大陆SCIE收录期刊分析:多少本刊？发文多少？解决了多少内卷？未来在哪里？
微生物领域SCIE期刊分析(英美40本，中国大陆0本)
专注于微生物组数据分析
众筹编写《微生物组数据分析与可视化实战》——成为宏基因组百科全书的创始人(目录)
编者序：初衷、计划、要求、优势、目标和展望
111.Protein Cell：宏基因组数据分析实用指南
112.CMJ：人类微生物组研究设计、样本采集和生物信息分析指南
121.个人电脑搭建微生物组分析平台(Win/Mac)
122.Linux系统和Shell命令行简介，走数据分析之路
123.R简介和统计绘图
211.Alpha多样性箱线图(样章，11图2视频)
212.样本量和测序深度Alpha多样性稀释曲线
213.维恩图和集合图(Venn&Upset)
221.Beta多样性PCoA和NMDS排序
222.Beta限制排序的多样性CPCoA/CCA/RDA/LDA
223.主成分分析PCA
231.菌群物种形成堆叠柱状图、弦图、词云
245.热图展示微生物组的物种和功能丰度或有无、距离矩阵
246.三元图的应用与绘图实战
251.全网最简单的网络图画法，小白福音包学包会
252.反映组间差异OTU微生物网络图模块
341.基于高通量测序的微生物组研究技术简介
342.基于高通量技术的微生物组研究实验设计
343.微生物组研究写作的一般思路
西湖大学鞠峰组：环境宏病毒组学分析思路及常用工具
西湖大学鞠峰组:环境微生物宏基因组学实例及新发现
ggClusterNet—-代码完成微生物网络的全内容
Windows10安装Linux子系统Ubuntu 20.04LTS，生信软件使用方便，效率秒杀虚拟机
最新的影响因素
微生物组实验手册(MPB)》专着
125个单位联合完成了微生物组实验手册(Microbiome Protocol eBook)第1版
352名中国学者联合发布了微生物组实验手册
MPB：北林张静等-丛枝菌根真菌(AMF)孢子、菌丝密度密度和侵染率的方法
MPB：地大郭东毅等-一种针对重金属污染土壤的高效DNA提取方法
MPB：西农焦硕组-土壤微生物响应环境变化的系统境阈值
MPB：基于农科院牧医所赵圣国组GraftM物种注释功能基因
MPB：农科院牧医院赵圣国组-微生物超高分子量DNA提取方法
MPB：山大倪金凤组-培菌白蚁肠道簇虫分离与分子鉴定的方法
MPB：沈阳生态所李琪组-土壤线虫群落DNA高通量测序提取、扩测序
MPB：中大李文均沉积物中微生物的分离培养与鉴定
MPB：崔杰组，上海巴斯德所-RNA病毒组和生物信息学分析
MPB：中国科学院城环研究所杨军组-淡水浮游动物的采集和鉴定
MPB：甘肃科学院祝英等药用植物地下茎内生真菌的分离、纯化和鉴定
MPB：赵圣国组-微生物DNA、RNA提取蛋白质的方法
MPB：林科院袁志林组利用acdSf3/acdSr四引物快速鉴定生产ACC脱氨酶细菌
MPB：遗传发展研究所白洋组-高通量分离培养和鉴定植物根系细菌
MPB：清华杨云峰组-利用GeoChip环境微生物功能基因群落结构分析
MPB：西农焦硕组-微生物生物地理研究方法
MPB：湖南农大尹杰组-猪粪来源乳酸菌分离技术
MPB：川农罗玉衡组-测量猪肠食糜和血清中短链脂肪酸浓度
MPB：青岛大学苏晓泉组-使用Meta-Apo对16S校正扩增子微生物组功能信息
MPB：南土所楚海燕组-利用分布模型绘制微生物分布图
MPB：林科院袁志林组是一种简单的植物组织表面消毒装置
MPB：林科院袁志林组-内生镰刀菌基因组染色体级别组装和注释
MPB：林科院袁志林组-毛白杨根内生真菌互动系统建设方法
MPB：搜索全球微生物组的整体结构和功能
MPB：热泉高温细菌分离培养方法
MPB：样本种植、取样和16S rRNA基因扩展子文库的制备方法
MPB：中国科学院城环研究所杨军组-淡水浮游细菌群落采集、过滤和保存
MPB：利用无菌植物和可培养细菌系统研究根微生物组的功能
MPB：南京湖泊所王建军组-群落建设过程的定量指标-扩散-生态位连续体指数
MPB：分离培养和形态学分析扬州大学王梦芝组-反刍动物瘤胃原虫
MPB：使用QIIME 微生物组16分析S rRNA基因扩增子测序数据(视频)
MPB：林业科学院袁志林组-树木共生真菌株纯化及快速鉴定方法
MPB：湖南师范大学尹佳组-乳酸菌对酸和胆碱盐的耐受性
MPB：基于中科院城环所的杨军组DNA宏条码水浮游细菌群落测序建库方法
MPB：检测湖南师范大学尹佳组乳酸菌益生菌表面粘附能力
MPB：华大孙海喜等从细菌基因组中预测活性前噬菌体工具Prophage Hunter的使用流程和常见问题
MPB：生态环境中心陈保冬组-基于高通量测序技术的丛枝菌根真菌多样性研究方法
MPB：农科院田健、韩东飞等-水稻根系互作功能微生物的筛选方法
MPB：南农成艳芬组-瘤胃厌氧真菌代谢产物的检测方法
MPB：扬大林淼组-瘤胃混合细菌连续传代培养技术
MPB：扬大林淼组-瘤胃内容物样本中有机酸的定量分析 (高效液相色谱)
MPB：陈同等-ImageGP在微生物组可视化中的应用 视频
MPB：林科院袁志林组-原生质体法制备根系腐生型共生菌(伞菌目)单核化菌丝
MPB：扬州大学王梦芝组-反刍动物瘤胃原虫与细菌微循环测定方法
MPB：遗传发育所刘永鑫等-易扩增子：易用、可重复和跨平台的扩增子分析流程
MPB：亚热带生态所葛体达组-原位酶谱法高分辨率实时检测土壤微界面酶活分布
MPB：亚热带生态所谭支良组-基于微生物成分数据的差异zOTU分析流程
MPB：生态环境中心张丽梅组-植物微生物组DNA提取扩增及溯源分析(视频)
MPB：微生物所东秀珠组-基于16S rRNA基因和基因组序列对细菌物种的初步鉴定
MPB：白酒酒醅非破坏性连续采集与核酸提取
MPB：中大魏泓组-无菌小鼠肠道粪菌移植(视频)
MPB：北林袁峥嵘组-16S扩增子分析中常用软件及数据库应用现状
MPB：南土所褚海燕组-小麦相关微生物的野外采样与样品保存
MPB：南土所褚海燕组-小麦相关微生物的野外采样与样品保存
MPB：上海交大肖湘组-海洋微生物的厌氧高压培养实验
MPB：上海交大王风平组-海洋沉积物样品细胞提取及荧光显微镜计数法
MPB：南京湖泊所王建军组-湖泊沉积物的野外采集方法
MPB：南京湖泊所王建军组-溪流底栖附着生物膜的野外采集方法
MPB：中科院生态环境中心邓晔组-从环境样本中提取高质量DNA-研磨加DNeasy试剂盒方法
MPB：林科院袁志林组-巢式PCR检测植物组织痕量内生真菌的方法及其引物
MPB：中农冯固组-研究菌丝际微生物互作的胡萝卜根器官-丛枝菌根真菌双重培养体系
MPB：西农郑伟-土壤水稳性团聚体微生物组样品制备方法
MPB：山大倪金凤组-白蚁肠道微生物样品收集与制备
MPB：湖南师大尹佳组-乳酸菌的耐热实验
MPB：中科院城环所杨军组-水体浮游植物采集与鉴定
MPB：中科院城环所杨军组-基于DNA宏条形码的水体微型真核生物群落18S测序建库方法
MPB：中农戴兆来组-猪肠道微生物样品的采集与核酸提取
MPB：南农成艳芬组-瘤胃体外发酵过程中产气量与甲烷产量的检测
MPB：南农金巍等-瘤胃甲烷菌的分离培养与保存
MPB：南农韦中组-根际细菌产铁载体能力的高通量检测
MPB：中农戴兆来组-猪肠道微生物的体外培养与功能研究
MPB：中科院植物所杨文强组-莱茵衣藻遗传连锁分析方法
MPB：中南大学刘学端、马丽媛组-基于16S测序和RT-qPCR的硫化矿物表面微生物群落组成分析
MPB：山大倪金凤组-黄翅大白蚁后肠几丁质降解微生物的分离与培养
MPB：中科院南土所褚海燕组-结构方程模型在土壤微生态中的应用
MPB：南农成艳芬组-瘤胃厌氧真菌的分离培养与保存
MPB：南农成艳芬组-瘤胃微生物体外发酵过程与注意事项
MPB：华中农大谢卡斌组-CRISPR靶向消除16S-seq中植物序列的方法
MPB：北大口腔陈峰、陈智滨等-口腔微生物组研究主要取样部位及方法
MPB：华南农大王文策组-水禽粪便微生物移植技术(视频)
MPB：中农冯固组-利用13C-DNA-SIP法示踪根际和菌丝际活性解磷细菌
MPB：山大倪金凤组-白蚁肠道优势厌氧菌的分离与培养
MPB：南农韦中组-植物根际土壤样品的非破坏性连续采集
MPB：西湖大学鞠峰组-微生物群落定量宏基因组和宏转录组
MPB：亚热带生态所谭支良、焦金真等-反刍动物瘤胃样品采集与保存
MPB：新疆生地所李文均团队-盐湖微生物的分离培养及保藏方法
MPB：林科院袁志林组-杨树根系-真菌互作体系构建方法
MPB：扬州大学王梦芝组-反刍动物瘤胃原虫18S rRNA测序分析技术
MPB：邓晔、王尚等-环境样本中的细菌总量测定—流式细胞法
MPB：华南农大王文策组-水禽肠道食糜微生物脂多糖含量的检测
MPB：湖南师大尹佳组-抑菌圈和药敏实验研究益生菌拮抗病原菌和抗生素敏感性的方法
MPB：广东生态土壤所孙蔚旻组-DNA稳定同位素示踪与宏基因组单菌草图组装联用技术
MPB：南农韦中组-根际细菌便利和竞争互作类型和强度的研究方法
MPB：林科院袁志林组-枫香-真菌互作培养体系构建
MPB：张云增、王年等-柑橘根际和根表微生物组样品的收集及核酸提取方法
MPB：林科院袁志林组-栎类外生菌根形态学特征描述
MPB：林科院袁志林组-提取杨树人工林土壤微生物菌体细胞的4种方法
MPB：军科院杨瑞馥、毕玉晶等-培养组学方法优化(视频)
MPB：中科院微生物所蔡磊组-运用可培养组技术开展难培养真菌的分离和鉴定
MPB：中科院城环所苏建强、朱永官等-功能基因高通量定量方法
MPB：中科院微生物所蔡磊组-基于扩增子数据的系统发育树的构建和展示
MPB：中科院生态环境中心邓晔等-细胞内融合基因技术 (epicPCR) 测定功能类群多样性
MPB：中科院生态环境中心邓晔组-环境样本中原核生物的总量测定
MPB：中科院东北地理所王光华组-锁核苷酸PCR解析植物内生细菌多样性方法
MPB：北大口腔陈峰、陈智滨等-口腔常见微生物的培养方法
MPB：南农韦中组-铁载体对根际细菌互作效应的介导作用研究方法
MPB：扬州大学王梦芝组-反刍动物瘤胃原虫样品采集及计数方法
MPB：山大倪金凤组-白蚁肠道木质纤维素降解细菌的分离与培养
MPB：生态环境中心韩丽丽等-土壤病毒组富集及DNA提取
MPB：深大李猛组-基于PacBio SMRT三代测序的红树林沉积物真菌群落的研究
MPB：南农韦中组-根系分泌物调控土壤微生物群落结构和功能的研究方法
MPB：南农韦中组-根际细菌群落资源利用网络的研究方法
MPB：南土所冯有智组-基于微量热曲线的微生物群落代谢特征分析
MPB：西湖大学鞠峰组-微生物群落RNA稳定同位素探针技术 (RNA-SIP)
MPB：中国地大侯卫国组- 针对热泉原位培养矿物的低质量DNA提取方法
MPB：林科院袁志林组-野外树木根系取样及根际土收集操作规程
MPB：中农彭静静等-土壤宏转录组样本制备
MPB：山大倪金凤组-黄翅大白蚁肠道放线菌的分离与培养
MPB：中国农科院李玉中组牧草种子内生真菌的分离、鉴定与保存方法
MPB：浙大王谦等-反刍动物消化道微生物CAZymes基因资源的挖掘与功能分析
MPB：上交大王风平组-沉积物、岩石样品总DNA提取
MPB：宁大张德民组-对虾养殖系统微生物组样品的采集与制备
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MPB：青岛大学苏晓泉组分享基于分类学和系统发育的宏基因组比较DMS算法
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MPB：河湖着生硅藻样品采集、永久玻片制作及鉴定
MPB：上海交大肖湘组分享基于基因芯片的海洋微生物转录组学分析技术
MPB：随机宏基因组测序数据质量控制和去宿主的分析流程和常见问题
微生物组实验手册：中科院、北大和清华等52家单位的74个团队的153篇方法正在创作中
微生物组实验手册计划正式启动、诚邀同行共同打造本领域方法百科全书
实验室管理好助手——Bio-lab
学术报告录播、PPT分享
75分钟入门微生物组数据分析和结果解读—刘永鑫(合肥，2021年6月23日)
青年生命科学论坛报告：扩增子和宏基因组数据分析与可视化流程—刘永鑫(北京210606)
宏基因组数据分析的机遇与挑战—刘永鑫(北京，2020年12月8日)
刘永鑫：20分钟讲解微生物组数据分析与可视化实战
南京袁军/文涛ISME：基于大数据整合准确预测土壤的枯萎病发生
北生院王金峰Gut：时序微生物组数据重现生物膜装配的动态过程 PPT+视频
西湖大学鞠峰：环境微生物宏基因组学(报告视频+PPT,11月23日)
2020年12月8日中科院刘永鑫报告：宏基因组数据分析的机遇与挑战
扩增子和宏基因组数据分析流程和可视化方案—刘永鑫(南京，2020年10月27日)
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12数据筛选Filtering data
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15样品分类和回归q2-sample-classifier
16纵向和成对样本比较q2-longitudinal
17鉴定和过滤嵌合体序列q2-vsearch
18序列双端合并read-joining
19使用q2-vsearch聚类OTUs
20实用程序Utilities
21进化树推断q2-phylogeny
22命令行界面q2cli
23图形界面q2studio
24Python命令行模式Artifact API
25可用和开发中插件AvailableFuturePlugins
26开发新插件DevelopingPlugin
27语义类型Semantic
28社区Community
29参考数据库DataResources
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31名词Glossary
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IDBA-UD：组装非均匀覆盖度的宏基因组和单细胞数据
MetaQuast：评估宏基因组拼接
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6不比对快速估计基因丰度Salmon Salmon不比对快速宏基因组基因定量
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分箱/MAG专题
Nature子刊：宏基因组中挖掘原核基因组的分析流程
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NBT：宏基因组”读云”10X建库+雅典娜算法组装获得微生物高质量基因组
DAS工具: 利用去重、聚合和评分的策略从宏基因组中恢复基因组
一文读懂宏基因组binning
GTDB：基因组分类数据库，物种注释和进化树构建工具GTDB-tk
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MaxBin2——高效的分箱工具
统计分析及可视化
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Nmeth：DEMIC——使用宏基因组数据预测细菌的生长速率
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细菌基因组
一文搞定细菌基因组De Novo测序分析
EZBioCloud：16S和原核基因组物种注释和新种鉴定
drep：微生物基因组快速去冗余-文章解读+帮助文档+实战
微生物分类学研究利器：模式微生物基因组数据库
Nature子刊：细菌和古菌从域到种的完整分类
NAR：中科院微生物所发布全球模式微生物基因组测序计划进展
NC：中科院微生物所陈义华组发现新颖的聚酮类化合物起始机制
微课堂：MUMmer——国家微生物科学数据中心云工具
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绝对定量
细菌绝对定量的方法总结
微生物绝对定量研究知多少
参考基因(组)集
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NBT2020：5万个基因组和1.2万个新种的地球微生物基因组集
NBT：牛瘤胃微生物组的4941个宏基因组组装基因组(MAG)
高分和功能挖掘
Nature2019：人类肠道菌群的新蓝图
Cell2019：15万人体微生物基因组！超大规模宏基因组研究揭示数千计人体微生物新物种
Cell2019：Tara2.0基因表达的改变和群落的更替塑造了全球海洋宏转录组
Cell子刊2019：人类微生物组参考基因集中的单体基因
培养组
NBT：人类肠道培养细菌的1520个基因组
NG：微生物如何适应植物的？ 细菌基因组适应植物的特征
历史经典
NC2018：全球柑橘根际微生物组的结构和功能
PNAS2016：土壤氮循环微生物功能特征的全球生物地理学
NBT2014：人类微生物组千万基因的参考基因集
Nature2010：基于宏基因组测序构建人类肠道微生物组参考基因集
病毒组
Nature子刊：加州大学伯克利分校Banfield组发现某些淡水湖泊中的大噬菌体或能加速好氧甲烷氧化
PhiSpy：在细菌基因组中识别噬菌体
DBSCAN-SWA：一行命令找到溶源噬菌体
热点：3个故事概览突飞猛进的肠道病毒组研究
Nature：梁冠翔等发现肠道病毒组在新生儿体内分段寄生的模式
Cell子刊：人体肠道病毒组高度多样、稳定且个体特异
QB：基于深度学习的病毒序列识别
病毒组研究的挑战-相关的新兴技术
SCLS：巴斯德所崔杰组揭示海洋无脊椎动物RNA病毒的遗传多样
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NBT：宏基因组二、三代混合组装软件OPERA-MS文章解读 软件使用
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Nature子刊：三代Nonopore测序数据耐药性分析软件NanoOK RT
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Nature子刊：三代Nanopore测序检测细菌和菌群多种DNA甲基化类型的新方法
NBT封面：纳米孔宏基因组6小时识别下呼吸道病原体
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面对万亿级测序市场，纳米孔测序技术何去何从？
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The Innovation | 直接病原学证据：无症状患者可引起COVID-19传播
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